Las habitaciones del hotel, todas confortables y luminosas, disponen de cada confort, amplias cabinas armarios, caja fuerte electrónica, línea cortesía completa de todos los accesorios, baño privado, secador de pelo, Tv en color, teléfono en habitación y aire acondicionado. En el precio de la habitación está incluido también el desayuno.

Villa Margherita propone un número limitado de habitaciones permitiendo así a los huéspedes de gozar siempre de la propia intimidad y del encanto discreto que invade el hotel.

Después de la restauración, la Villa ha pensado también a las exigencias de los que viajan para trabajo y por eso las habitaciones disponen de Internet, Wi-Fi, confortables escritorios o mesitas de trabajo.